Der Ort wurde 741 erstmals urkundlich erwähnt. Die Verleihung der Stadtrechte erfolgte in der Zeit um 1235. Königshofen war bis 1354 Eigentum der Grafen von Henneberg, um dann in den Besitz des Würzburger Bischöfe zu kommen. Königshofen wurde von diesen zu einer Festung ausgebaut. 1631 bis 1635 war Königshofen von den Schweden besetzt. Als Teil des Hochstiftes Würzburg wurde das Amt Königshofen 1803 zugunsten Bayerns säkularisiert, dann im Frieden von Preßburg (1805) Erzherzog Ferdinand von Toskana zur Bildung des Großherzogtums Würzburg überlassen. Mit diesem fiel es 1814 endgültig an Bayern. Im Jahr 1893 wurde die Stadt mit der Grabfeldbahn an das Eisenbahnnetz angeschlossen. Königshofen war seit Beginn des 19. Jahrhunderts bayerische Kreisstadt und Sitz eines königlichen Landgerichts. 1972 wurde der Landkreis Königshofen aufgelöst. Während der Gebietsreform in Bayern fand die freiwillige Eingemeindung der Orte Althausen, Aub, Eyershausen, Gabolshausen, Ipthausen, Merkershausen und Untereßfeld statt. 1974 wurde die Stadt zum Bad erhoben.

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