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Bereits 742 wird der mittlerweile eingemeindete Ortsteil „Brend“ (Brendlorenzen) erstmals in einer Urkunde des neu gegründeten Bistums Würzburg erwähnt. Die in Brendlorenzen stehende Martinskirche (später in St. Johannes der Täufer umbenannt) wurde als eine von 25 Eigenkirchen dem Bistum geschenkt.

Ob im 9. Jahrhundert auch an der Stelle der heutigen Altstadt bereits eine Siedlung zu finden war, ist trotz umfangreicher Ausgrabungen noch nicht abschließend geklärt. In der Gegend der Stadt errichtete 790 Karl der Große die Pfalz Salz, deren genaue Lage aber nicht mehr bekannt ist. Im Jahre 878 wird ein Ort "Oberselz" erstmals urkundlich genannt. Es wird vermutet, dass sich hinter der Bezeichnung das heutige Bad Neustadt verbirgt.

Die mittelalterliche Stadtmauer ist noch heute rundum erhalten. Auf 1,5 Kilometern Länge umgibt sie in Herzform die Altstadt von Bad Neustadt. Der Ursprung der Herzform wird in einer romantische Sage erklärt, in der Kaiser Karl der Große, als er auf der Anhöhe der Salzburg stand und ins Tal blickte, zu seiner Kaiserin Fastrada gesagt haben soll: „Als Zeichen unserer Liebe will ich dort unten eine Stadt in Herzform errichten.“

Erstmals wurde Neustadt als nova civitas in einer Urkunde des Bischofs von Würzburg aus dem Jahre 1232 genannt. Das Oberamt des Hochstiftes Würzburg wurde nach der Säkularisation 1803 zugunsten Bayerns 1805 Erzherzog Ferdinand von Toskana zur Bildung des Großherzogtums Würzburg überlassen und fiel mit diesem 1814 endgültig an Bayern.

Den Zusatz Bad bekam Neustadt kurz nach der Machtergreifung Hitlers. Seit 1934, der Eingemeindung von Bad Neuhaus, nennt sich auch die Stadt Neustadt "Bad". Neustadt war unter den ersten Städten, die Hitler zur Machtergreifung gratuliert hatten.

Ein weiterer Teil der Geschichte Neustadts ist die Salzburg . Die gewaltige Burg, die auf einer bewaldeten Höhe thront, gehört zu den größten Ganerbenburgen Deutschlands. Zwar wurde sie oft umgebaut (verschiedene Elemente der Romanik, Gotik und Renaissance zeugen davon), jedoch nie zerstört und ist heute noch in ihrer ganzen Gestalt erhalten. Allerdings sind die meisten der Ganerbensitze heute Ruinen.