Die ältesten Urkunden stammen vom Anfang des 13. Jahrhunderts. Funde aus der Keltenzeit zeigen jedoch, dass Bischofsheim viel älter ist. Es ist anzunehmen, dass die Namensgebung auf den Hl. Bonifatius zurückgeht. Von Fulda aus, wo er im Jahr 744 ein Benediktinerkloster errichtete, führte der Weg des Bischofs über Bischofsheim zur Kaiserpfalz Salz. Hier errichtete er vermutlich eine Siedlung, um auf dem Weg Rast zu machen. Das Oberamt des Hochstiftes Würzburg wurde nach der Säkularisation zugunsten Bayerns 1805 Erzherzog Ferdinand von Toskana zur Bildung des Großherzogtums Würzburg überlassen und fiel mit diesem 1814 endgültig an Bayern.

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