789 wurde Fladungen in einer Urkunde des Klosters Fulda erstmals erwähnt. 1335 vergab Kaiser Ludwig der Bayer das Stadtrecht. Der Besitz der Stadt war zwischen dem Würzburger Bischof und dem Fürstabt von Fulda umstritten. Fladungen, als Amt des Hochstiftes Würzburg, war nach der Säkularisation 1803 kurze Zeit bayrisch. Es wurde 1805 Erzherzog Ferdinand von Toskana zur Bildung des Großherzogtums Würzburg überlassen. Seit den Verträgen von Paris 1814 gehört der Ort endgültig zu Bayern. 1971 bis 1978 erfolgte im Zuge der Gebietsreform in Bayern die Eingliederung der Gemeinden Sands, Weimarschmieden, Oberfladungen, Leubach, Brüchs, Rüdenschwinden und Heufurt in die Stadt Fladungen. Seit der innerdeutschen Grenzöffnung im Jahr 1989 befindet sich Fladungen nicht mehr im Zonenrandgebiet. 1992 wurde der Stadt die Europa-Nostra-Medaille verliehen.

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